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晓之玄武浮出水面
3年后晓重磅登场，晓首领欲派出鼬诛杀叛徒大蛇丸，而鼬不知因为什么理由推辞了，所以晓首领通知玄武下手。另一头大蛇正在准备转生之时，被带着面具的玄武狙击，战斗中大蛇击落玄武面具，面具下赫然是兜，兜说他潜伏在大蛇身边这么多年只是为了学到不老不死之术，如今大功告成而首领又正好下令。大蛇重伤之下抓住佐助逃走后准备强行转生。侵蚀佐灵魂时，鼬忽然出现，用月读使大蛇意志力锐减，灵魂反而被佐吞噬。而佐一直昏迷，并未看到鼬的出现。

卡卡西潜力全开
卡卡西依旧放心不下佐，于是擅离木叶前往音忍营救佐，正好碰上正在清理大蛇残余势力的兜，卡卡质问兜佐的去向，而兜亦对木叶第一技师卡卡的实力很有兴趣，于是两人发生战斗。兜真正的实力令卡卡完全落在下风，昏迷中卡卡想起了带土，后忽然撕开面，遮住了写轮眼，说一直以来自己都是使用写轮眼来代替已死去的带土做战，而如今要使出属于自己的力量。兜依然对卡卡不屑一故，认为没有写轮眼的卡卡完全没有资格同自己战斗。卡卡说要用完成版的雷切让兜以及晓见识下木叶白牙的儿子真正的实力?
玉女的出现
全力全开的卡卡西和药师兜在战斗中打得难分难解。为了保卫学生的卡卡西显然更加强过药师兜。就在卡卡西准备击杀药师兜的时候，和药师兜一起行动的玉女出手阻止了卡卡西。玉女警告药师兜他们的任务只是杀死大蛇丸，现在任务完成已经没有必要再久留了。卡卡西当然不肯放过这个机会，但是玉女发出冲天的杀气警告卡卡西如果不识相的话只有杀了卡卡西了。被玉女实力镇住的卡卡西一时竟然动弹不得，只能目送药师兜和玉女消失。不久，得知卡卡西行动的自来也和漩涡鸣人赶到带走了昏迷的佐助。

宇智波一族的故事
鼬离开战斗后，“晓”的另一个成员北斗问鼬为什么要救佐助。鼬回答说因为佐助才是一族里面潜力最强的人，只有佐助才有希望达到他和北斗都不可能达到的写轮眼的最高境界----以团扇之血唤醒沉睡在佐助体内的宇智波一族的圣兽“朱雀”！接着鼬愤怒的指出当年灭族一事就是“北斗”，这个4代火影的同学第2次忍界大战的传奇人物也是第一个发现万花筒写轮眼的---宇智波炎金所*作！可是北斗表示他这样做这是为了让宇智波一族的精英分子得到更强大的力量
双重间谍
玉女和药师兜复命之后，玉女提出要暂时脱离组织。因为玉女发现了非常感兴趣的东西要独立研究。这时岩之国逃忍三台（第一部的猪笼草）提出如果玉女一再无视组织自己行动的话，就会和大蛇丸一样的下场。玉女说如果三台觉得自己有实力的话随时可以来挑战。这时药师兜说玉女是个很可怕的人，除了组织领袖没人知道玉女的面貌和来历。玉女离开组织一路赶路，在瀑布处遇到了自来也。玉女拿下了脸上的面具，竟然是静音！！静音告诉自来也晓的首领要她监视鸣人的时间就要到了，晓组织准备来夺取九尾了。自来也表示静音很苦了，但静音表示这样做是为了报父亲被杀之仇?

九尾的故事
自来也晚上暗会纲手。他告诉了纲手当时在第2次忍界大战的时候，木叶为了取得战术上的优势，进行了一个名叫“日出”的通灵禁术开发计划。当时的负责人除了大蛇丸还有一个人就是3代火影的儿子猿飞心之助。没想到计划还没结束战争就结束了，眼看计划就要成功的猿飞心之助不甘心，继续禁术的研究。同时这项计划也得到了风之国的暗中支持，不久在沙忍村的活体实验成功！心之助非常兴奋决定在火之国进行同样的活体实验。鸣人这个用木叶村各位精英忍者dna制造出来的最完美的容器诞生了，结果因为妖兽力量太强，实验失败导致了16年前的九尾事件。而猿飞心之助也在实验失败后，杀死了阻止他的静音的爸爸下落不明！他也就是 “晓”的领袖青龙。现在经过10多年的准备后心之助禁术已经完善，而“晓”组织也准备用夺来的各国妖兽彻底消灭现在的世界格局，建立他们所希望的世界。

木叶的背叛者
药师兜和静音再次出现在木叶，这次晓的领袖要他们夺回九尾。入夜，药师兜并没有按计划行动，静音很奇怪，兜说有人会吧九尾带给他们。突然自来也带着混睡的鸣人出现！原来自来也才是心之助在木叶安插的卧底，九尾容器的培养就是由自来也负责，自来也的代号就是“晓”之第十人滕蛇！现在任务已经完成，自来也要回组织，同时要以“背叛”木叶的罪名杀掉静音这个晓的叛徒。这时纲手突然出现，责问自来也为什么要这样做。自来也认为分裂的5国就是战争的原因，只有心之助忍界大同才能永远结束战争，所以自己会帮助心之助。自来也表示看在过去的情份上晓绝对不会进攻木叶，自己也不想杀纲手，但是纲手绝对不要干涉他们！纲手认为心之助的计划只能代来世界的毁灭一定要阻止，并表示为了木叶自己会打倒自来也。于是自来也，兜和纲手，静音交战！危机时刻，卡卡西和阿凯赶到，但是晓的另外2个成员北斗和朱雀出现了，战况非常艰难，静音和凯先后身受重伤！