整个明廷在没有首相即宰相的情况下运转。因自洪武帝于1380年废除“丞相”（Chief Assistant），明廷就未再设丞相一职。因此在1380年后的两个半世纪里，不同部门的头头直接对皇帝负责。
明中央政府设置了六个部，吏部、户部、礼部、兵部、刑部和工部（Personnel,Finance,Rites,War,Justice, and Public Works）。与六部地位相等的是通政使司(the Office of Transmission)、大理寺(Grand Court of Revision)和都察院(the Censorate)。这些部门的头头，在习惯上合称“九卿”(Nine Ministers)。

一旦有重要的事就需要“九卿廷议”，最后由皇帝作决定。
 
洪武帝在处理国家事务时，还设置内阁于殿廷，以大学士（Imperial Grand Secretaries）担任顾问兼秘书的职务，大学士人数未固定。大学士虽为皇帝亲近助手，但在设置之初，其地位低于九卿。
 
明的军队，陆军和水军无大区别，其组织单位为“卫”(Guards)－－一种自立组织。明廷规定，世袭的军户必须世世代代为国家提供兵员。为解决他们的衣食问题，每卫得到一定数量的公地。卫所的省级管理机构是都指挥司(Regional Commissioners)，它们下辖于设置在京师的五军都督府(the Five Marshals)。五军都督府的办公处所分别称中、前、右、左和后。有时五军都督被任命为驻外军队统帅。如，担任驻在南京的后军都督，传统上负责兼任专门负责漕运的总兵官(the Commander-in-Chief of the Transportation)。随后总兵官担任副都督(Vice_Commander）或处理总督（Assistant Commnder）。

1421年后，明确立了两都制，以北京为首都，南京为留都。虽然留都通常安置闲散退休或被裁撤的官员，但南京和北京都设置了同样一套职官，即六部九卿及其下属机构和职能部门有两套。
 
在省级政府机构，明也未设置首席官员。相反，设置了3名官员，以之分掌省最高行政长官之权。这3名官员即：布政使、提刑按察使和都指挥使(the Provincial Administrator, the Provincial Surveillance Officer, the Regional Military Commissioner)。虽布政使被认为是法律的颁布者，在他履行自己的职责，而提刑按察使在某种程度上像一个巡回判案的法官。但这两名官员的职责区别并不十分明显。
布政使负责执行日常事务；提刑按察使负责缓解民怨，并偶尔督法律作修正。在重要事务上，这3名官员相互协商，并向六部、五军都督府和都察院报告。

前面提到虽明没有首相，但到后来，内阁首辅就相当于首相。如万历的老师内阁首辅张居正，他和他的同僚通过非正规的方式专擅权力，甚至大小事务经由年幼的万历皇帝批准的程序都被忽视了（我觉得还有个原因在于皇帝和他母亲对张居正的无限信任，而张倒也没辜负他们的信任）。

请查明史－职官志http://www.chinakyl.com/rbbook/gb/25/mingshi/ms072.html
http://www.chinakyl.com/rbbook/gb/25/mingshi/ms073.html
http://www.chinakyl.com/rbbook/gb/25/mingshi/ms074.html

好厉害啊，谢谢颛渠大，和阿里亚娜大